وی متهم اصلی این فاجعه را رژیم آل سعود دانست و خاطر نشان کرد: این مسیر، مسیر تردد اکثر ایرانیان و شیعیان بوده
است که بدون ابلاغ قبلی و هماهنگی و به‌صورت ناگهانی مسدود شده است و این
فاجعه هولناک غیرطبیعی و توطئه آمیز است.
آیت الله شاهرودی با اشاره به دست‌نشاندگی و هم‌پیالگی آل سعود با نظام سلطه و خصوصاً شیطان بزرگ آمریکا، تولی ایشان با دشمنان خدا و دین را بزرگترین مصداق شرک دانسته و گفت: دست این حکومت مزدور به خون مسلمانان کشورهای مختلف نظیر بحرین و یمن و سوریه، آلوده است و داعش یکی از دستاوردهای ننگین این رژیم منحوس برای عالم اسلام است.
وی با اشاره به دشمنی دیرین رژیم سفاک با اسلام حقیقی و اسلام ناب و اسلام انقلابی و با انقلاب اسلامی ایران، مهمترین تهدید اسلام و قرآن و مسلمین و به‌ویژه انقلاب اسلامی را در منطقه، حکومت سعودی دانستند و جنگ‌افروزی سعودی در یمن و سوریه و بحرین را جلوه‌هایی از این دشمنی سرسختانه با تفکر انقلاب اسلامی در سراسر جهان برشمردند.
آیت الله شاهرودی تعداد بالای کشته شدگان ایرانی را مورد توجه قرار داد و گفت: این فاجعه انسانی، برخورد اصولی و انقلابی مسئولان را در همه سطوح را می طلبد و همه سازمان‌های اسلامی و علما و دانشمندان مسلمان و دولتهای اسلامی برای برخورد قاطع با دولت سعودی و تلاش برای تشکیل کمیته حقیقت‌یاب و تحقیق و تفحص در باب این جنایت خونبار دعوت می شود.