مسجد جامع شهرستان اهر دارای 21 گنبد با طاق های آجری و ستون های عریض می باشد که در سنگ‌نبشته های مختلف بانی و تاریخ آنها ذکر شده است و در چند سال اخیر دیوارهای بیرونی و ورودی های آن توسط اداره کل میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری استان آذربایجان شرقی در حال مرمت می‌باشد.