علیرضازاکانی (نماینده مردم تهران): ما حق نداریم عنان کار را به دست کسی بدهیم که ماحصلش را می‌توان در نامه آقای نجفی به مراجع دید که به نظام اتهام می‌زنند، وی در بخشی از نامه خود اینگونه آورده است: «به راستی اعمال شکنجه‌های مکرر در مورد کسانی که زیر لقای اسلام زندگی می‌کنند با توسل به کدام اصل قانونی، شرعی و انسانی توجیه‌پذیر است و چگونه با سکوت می‌توان در قبال این همه خشونت، داد از رحمانی بودن نظامی سر داد که شریعت محمدی را راهنمای خویش قرار داده است. این روزها دریافت اخبار نگران‌کننده در مورد سلامت جسمی و روانی بسیاری از بازداشت‌شدگان در دامنه نگرانی‌ها افزوده است".
احمد امیرآبادی فراهانی (نماینده مردم قم): آقای نجفی شما در انتخابات سال 88 در ستاد "موسوی" بودید. البته عضویت شما جرم نیست، اما جای این سوال است که شما بی‌اطلاع از وضعیت کشور نبودید و با قوانین کشور نیز آشنا هستید. شما چه کاره بودید که وظیفه داشتید با همفکران خود در شمال شهر تهران حضور یافته و بگویید که از طرف موسوی و کروبی آمده‌اید؟
نجفی: من نمی گویم کسانی که در راهپیمایی های سال 88 شرکت کردند خلاف قانون بوده است!
نجفی در پاسخ به این انتقادات گفت: بنده حتی قبل از 29 خرداد که رهبر انقلاب این سخنان را مطرح کنند مطیع این امر بودیم.کجا من مصاحبه و صحبتی خلاف این امر کردم. آقایان می‌گویند که شما مردم را تحریک برای شرکت در راهپیمایی‌ها کردید من در هیچ کدام از این راهپیمایی‌ها چه قبل و چه بعد از 29 خرداد شرکت نکردم. من نمی‌گویم کسانی که در این راهپیمایی‌ها شرکت کردند خلاف قانون عمل کردند. من هم معتقدم مانند آقای مطهری، کسانی که قبل از 29 خرداد در راهپیمایی شرکت کردند اشکالی ندارد اما یک عکس یا شاهد عادل بگوید من آقای نجفی را در راهپیمایی روز دوشنبه دیده‌ام و من قبول می‌کنم راس فتنه‌ام.
نجفی خود را نماینده کروبی معرفی کرده و به دیدار حادثه دیدگاه سال 88 می رفت
گفته های نجفی در حالی است که سید مسعود خاتمی رئیس وقت جمعیت هلال احمر کشور که مستقیما مسئول ارتباط با خانواده حادثه‌دیدگان بود گفته است: این هیئت پس از ملاقات با تمام خانواده‌های حادثه دیده در تهران در مواردی با حضور همزمان آقای نجفی و خانم ابتکار مواجه شدیم و در بررسی‌ای که از خانواده‌ها در مورد اقدامات افراد مذکور صورت گرفت، مشخص شد نامبردگان موضوعات خاصی را پیگیری می‌کردند. در اغلب موارد آقای نجفی و خانم ابتکار خود را نماینده موسوی و کروبی معرفی کرده و پیام آنها را اعلام می‌نمودند" و با بیان اینکه "شما باید حق خود را از حکومت بگیرید و مسئولین بالای نظام را عامل حوادث هستند، نوعاً باعث تحریک احساسات و شعله‌ور شدن آتش فتنه می‌شدند". آنها حتی "در مواردی اصرار داشتند به نحوی سران فتنه را به خانه‌های آسیب‌دیدگان برسانند که با مخالفت خانواده‌ها مواجه می‌شدند.
تائید اظهارات کروبی مبنی بر آزار جنسی معترضان
وی همچنین در واکنش به اتهامی که در سال 88 مبنی بر آزار جنسی معترضان به نظام توسط مهدی کروبی وارد شد و جنجال فراوانی را در رسانه‌های بیگانه علیه نظام جمهوری اسلامی به پا کرد، اینگونه عنوان کرد که: اقدام کروبی هم شجاعانه و هم خداترسانه بود! نجفی همچنین در ادامه توضیحات خود پیرامون اقدامات خداترسانه کروبی و اتهاماتی که علیه نظام وارد کرد، اینچنین می‌گوید: ما به عنوان کسانی که دلمان به حال نظام می‌سوزد امیدواریم این وقایع با بررسی جامع و بی‌طرفانه حل شود.
جعفر میلی منفرد هم همانند نجفی نتوانست از امتحان سخت مجلس راهی به کابینه
دولت یازدهم پیدا کند. وی که هم اکنون معاون آموزشی وزارت علوم است؛
ازمجموع ۲۸۴ رأی مأخوذه با ۱۰۵ رأی موافق، ۱۶۲ رأی مخالف و ۱۵ رأی ممتنع
موفق به کسب رأی اعتماد از مجلس نشد.
میلی منفرد در تاریخ 24 مرداد 92 به
دفاعیه خود برای احراز پست وزارت علوم در صحن علنی مجلس، اظهار داشت: یک
احضار، یک اخطار و یک برگ تذکر از نهادهای ناظر و مقامات قضایی و امنیتی و
سیاسی برای اقدامی خلاف مصالح نظام نداشته ام. هرجا بوده ام با همه گرایش
ها کار کرده ام. بدون هیچ گرایشی مدیران چپ و راست داشته ام. با مدیران
سابق بیش از همه کار کرده ام و مدیران جدید را هم به حسب نیاز آورده ام و
اما تخصص اولویت من بوده است. اما مخالفان میلی منفر روایت دیگری داشتند:
محمد دهقان (نماینده مردم چناران): شما به عنوان یکی از مسئولان نظام که دوره ای سرپرست وزارت علوم و در دوره ای معاون وزیر بودید در اتفاقات پس از انتخابات 88 در تحصن ها شرکت کردید که فیلم آن موجود است.
فرهاد بشیری (نماینده مردم پاکدشت): ما از آقای روحانی به خاطر موضع گیری در خصوص حوادث سال 88 تشکر می کنیم اما وزیر پیشنهادی وی نقش محوری در تحصن اساتید دانشگاه امیر کبیر داشت و وی سعی در لغو امتحانات دانشجویان و ایجاد التهاب در دانشگاهها داشت.
بر اساس این گزارش میلی منفر در حالی در سال های 76 الی 79 بعنوان معاون دانشجویی وزیر علوم ایفای نقش کرده است که دقیقا در همان زمان حوادث 18 تیر 78 از سوی دفتر تحکیم در دانشگاه ها و با حمایت عناصر دولتی همچون عبدالله نوری وزیر کشور دولت اصلاحات و تاجزاده معاون سیاسی وزیر کشور رخ داده است.
حوادث
18 تیر 78 در حالی در فضای سیاسی کشور از سوی دفتر تحکیم اتفاق افتاده که
بسیاری از تحلیل گران معتقدند علت اصلی آن پر و بال دادن وزرات علوم و
معاونت دانشجویی(میلی منفرد) به عناصر افراطی و غیر قانونی به عنوان پیاده
نظام حزب مشارکت بوده است.
جالب اینکه یکی از همراهان مصطفی تاج زاده در ماجراهای 18 تیر 78 میلی منفرد بوده است.