وی با اشاره به بی‌حرمتی به روز عاشورا و پاره کردن عکس امام خمینی(ره) گفت: ما در برخورد با هر دو موضوع اشتباه کردیم.
سید محمد خاتمی در جمع برخی از اصلاح طلبان افزود: موسوی هم اشتباه کرد که آمد و کسانی که پرچم‌های امام حسین(ع) را روز عاشورا آتش زدند و عکس امام را پاره کردند، مردمی خداجو معرفی کرد. ما نباید سکوت می‌کردیم. ما و موسوی باید اعلام موضع می‌کردیم. خیلی از این‌ها از فضا سوء استفاده کردند و دنبال اهداف خودشان بودند. جامعه ایران نمی‌پذیرد که یک عده خداجو! بیایند و به امام حسین(ع) توهین کنند. همه اشتباه کردیم. مجمع روحانیون هم اشتباه کرد که در این زمینه سکوت کرد.
کیهان نوشت: خاتمی چند ماه پیش در پاسخ به سؤال خبرنگاری که از وی پرسید، چرا شما از سال 88 تاکنون، علیه فتنه و اقدامات فتنه‌گران موضع نگرفتید؟ پاسخ داد: من رأس یک جریان هستم؛ از جانبازی که در زندان است (اشاره به یکی از فتنه‌گران بازداشت شده) تا رقاصه‌های آمریکا در گروه ما هستند و باید حواسم به همه آنها باشد.
همچنین وی در جلسه‌ای دیگر گفته است: بعد از سال 88 بنای ما بر سازش و تعامل با نظام بود، اما چه کسی باید واسطه ما و رهبری می‌شد؟
وی با گلایه از عدم وساطت هاشمی رفسنجانی و سید حسن خمینی افزود: هاشمی و سید حسن هم معلوم نیست چه کار می‌کنند! و معلوم نیست که نظام هم آنها را تحویل بگیرد که واسطه شوند.
یادآور می‌شود خاتمی در محافل خصوصی اصلاح‌طلبان گفته که از اول هم اعتقاد نداشته در انتخابات سال 88 تقلب شده است. وی در عین حال از ترس اصلاح‌طلبان جرأت ندارد همین حرف‌ها را علناً ابراز کند و اعتراف نماید که سنگ بنای آشوبگری و فتنه‌انگیزی 5 سال پیش، یک دروغ بزرگ بوده که همان نیز اسم رمز آشوب واقع شده است.