وی همچنین در نشست خبری که در مجلس به مناسبت روز مهندس برگزار شده بود گفت: «آقای روحانی در رزومه و شناسنامه سیاسی خود چه قبل و چه بعد از انقلاب، رد پایی از اصلاح‌طلبی در وی دیده نمی‌شود... روحانی کاندیدای قاطبه اصلاح طلبان نبوده و آرای وی خالص اطلاح‌طلبی نیست و برخی از آرای او متعلق به اصولگرایان است.»
این موضع گیری‌های باهنر با واکنش برخی از اصلاح‌طلبان مواجه شد تا جایی که حمیدرضا جلایی‌پور عضو شورای مشورتی اصلاح‌طلبان در
مصاحبه‌ای با روزنامه اعتماد گفت: «روحاني به عنوان نامزد اصلاح‌طلبان پيروز عرصه انتخابات شد و اگر اصولگرايان افراطي مي‌دانستند كه روحاني راي مي‌آورد او را نيز مانند آيت‌الله هاشمي رد صلاحيت مي‌كردند. در طول شش ماهه گذشته نيز شاهد اتفاق نظر اصلاح‌طلبان و دولت در عرصه‌هاي مختلف اعم از مسائل فرهنگي مثل تغيير و تحولات صورت گرفته در جشنواره فيلم فجر، موضوعات اجتماعي، گشايش فضاي داخلي، فراهم شدن زمينه‌هاي رشد اقتصادي، تغيير رويكرد در عرصه دانشگاهي و بازگشت به كيفيت‌گرايي و در راس آن سياست خارج بوديم. در واقع قرابت آرا و نظرات دولت و اصلاح‌طلبان همان مطالبه جريان اصلاحات است كه نشان مي‌دهد ادعاي اصولگرايان درباره عدم پيروزي اصلاح‌طلبان در انتخابات درست نيست.»
موضع اصلاح‌طلبان نسبت به روحانی قبل از انتخابات
برای قضاوت منصفانه و مستند از جایگاه اصلی روحانی در بین جریان‌های سیاسی کشور، لازم است که مواضع و فعالیت‌های اصلاح‌طلبان قبل از انتخابات ریاست جمهوری یازدهم را مدنظر داشته باشیم؛ از این نکته نیز نباید غافل گشت که حسن روحانی دبیر کل حزب اعتدال و توسعه در زمان اوج فعالیت تشکل‌ها و احزاب اصلاح‌طلب در سال 1378 اقدام به تأسیس حزبی کرد که مشی خود را اعتدال و دوری از برخی عملکرد‌های افراطی اصلاح‌طلبان قرار داده بود.
زمان تبلیغات انتخابات ریاست جمهوری و حضور توأمان روحانی و عارف، توسط کمتر اصلاح طلبی روحانی به عنوان کاندیدای جبهه اصلاحات معرفی می‌شد و این مسئله بعد از انصراف عارف نیز ادامه پیدا کرد و برخی اصلاح طلبان معتقد بودند که جبهه اصلاحات کاندیدایی در انتخابت ریاست جمهوری ندارد.
محسن رهامی رئیس ستاد هماهنگی جبهه اصلاحات در انتخابات شوراها، سه روز قبل از انتخابات با بیان اینکه "در حال حاضر ما به عنوان اصلاح‌طلبان کاندیدا نداریم" گفت: «قرار بر این بود که اگر به اجماع نرسیدیم، از آقایان جهانگیری، مهرعلیزاده، شریعتمداری و عارف حمایت شود که از این مجموعه در ابتدا فقط دو نفر ماندند که با ردصلاحیت آقای شریعتمداری فقط یک نفر از کاندیدای اصلاح طلبان در صحنه باقی ماند.»
محمدرضا عارف نیز با وجود اینکه از ادامه رقابت در انتخابات ریاست جمهوری انصراف داد حاضر نشد در بیانیه خود رسماً از روحانی نامی ببرد و صحبت‌های انتخاباتی‌اش حاکی از این بود وی خود را تنها کاندیدای اصلاح‌طلب می‌داند و برای هین حاضر به کناره‌گیری به نفع روحانی نیست.
وی در زمان مطرح شدن شایعاتی در مورد کناره گیری‌اش به نفع روحانی به خبرنگاران گفته بود: «تا آخر در صحنه هستم و به نفع کسی کنار نمیروم. اصلاح‌طلبان عقبنشینی نمیکنند و با قدرت در انتخابات شرکت می‌کنند.»
مصاحبه اخیر وی با روزنامه اعتماد هم که در آن به صراحت از مخالفت اولیه‌اش برای کناره‌گیری به نفع روحانی صحبت کرده بود مؤید این موضوع است. عارف در این مصاحبه گفته بود: «من با این سازو کار موافق نبودم. این را برای اولین بار است که طرح می‌کنم، با جمع‌بندی‌ها موافق نبودم و فقط به خاطر قول و قرارهای اخلاقی با آقای خاتمی کناره‌گیری کردم.»
مواضع اصلاح طلبان نسبت روحانی بعد از انتخابات
با وجود مواضعی از این سنخ از اصلاح‌طلبان قبل از انتخابات ریاست جمهوری، به نظر می‌رسد که نمی‌توان مواضع اصلاح‌طلبان نسبت به دولت را یکسان دانست؛ عده‌ای از اصلاح‌طلبان با معرفی روحانی به عنوان یک اصلاح‌طلب سعی در مصادره رأی مردم به نفع جریان خود دارند. از طرف دیگر طیف دیگری از اصلاح طلبان، روحانی را با توجه به سوابق و موضع گیری‌هایش اصلاح‌طلب نداسته و معتقدند اصلاح‌طلبان به ناچار و برای یک دوره کوتاه و انتقالی از روحانی حمایت کرده‌اند.
نشانه‌هایی از آشکار شدن شکاف بین برخی از اصلاح طلبان و دولت روحانی را می توان در عدم پذیرش مسئولیت دولتی توسط عارف و انتظار حداقلی‌اش برای مشورت گرفتن دولت از وی دانست که در مصاحبه اخیرش با روزنامه اعتماد به آن اشاره کرده است.
احمد
پورنجاتی از اعضای حزب منحل مشارکت نیز انتقادات و اعتراض خود به دولت روحانی و
مشاورانش را کتمان نمی‌کند و معتقد است روحانی از خود پایگاه اجتماعی و بدنه سیاسی
ندارد: «درست است که روحانی با تابلوی اعتدال و نوعی دولت فراجناحی به میدان رقابت‌ها
آمد اما بی‌هیچ تردیدی او به عنوان شخص خودش از هیچ پایگاه اجتماعی و بدنه سیاسی
اختصاصی برخوردار نبود.»
انتخابات مجلس و چگونگی ارتباط اصلاح‌طلبان با جریان اعتدال
به نظر می رسد این اختلاف و شکافی که در بین اصلاح طلبان در موضع گیری و نسبت سنجی جریان خود با دولت یازدهم بوجود آمده است بر فعالیت‌های این جبهه در انتخابات مجلس نهم و نوع قرارگرفتن لیست‌های انتخاباتی و سرلیست‌ها تأثیرگذار باشد. در حالی که طیفی از اصلاح طلبان صحبت از ائتلاف میان خود و جریان اعتدال می‌کنند، طیف دیگر فعالیت‌های خود را شروع کرده و در حال چیدن سازوکارهای حضور خود و انتظار قرار گرفتن جریان اعتدال ذیل جریان خود هستند.
به هر حال گسست و آشفتگی میان اصلاح طلبان در نوع مواجهه و موضع گیری نسبت به دولت یازدهم امری نیست که بتوان آن را انکار کرد و باید دید که انتخابات مجلس چه تأثیری در همگرایی یا واگرایی این دو جریان خواهد گذاشت.