همچنین ابزار Gatekeeper می‌تواند برنامه‌های دستکاری شده را نیز تشخیص داده و مانع اجرای آنها شود. این قابلیت موجب می‌شود چنانچه نرم‌افزاری مورد اطمینان اپل بود، اما از سوی بدافزارها مورد دستکاری قرار گرفته باشد نیز اجرا نشود.
متاسفانه برخلاف راه‌حلی که اپل برای اجرای برنامه‌های انتشار یافته از سوی توسعه‌دهندگان ناشناس در اختیار کاربران قرار داده است (اجرای برنامه با انتخاب گزینه open از منوی متنی)، هیچ راه‌حلی را برای اجرای برنامه‌هایی که دستکاری شده تشخیص می‌دهد در اختیار کاربران قرار نداده است. با اجرای برنامه‌هایی که Gatekeeper دستکاری شده تشخیص می‌دهد پنجره هشداری مبنی بر انصراف از اجرا یا انتقال برنامه به سطل زباله به‌نمایش درمی‌آید و انتخاب گزینه open از منوی متنی نیز پاسخی برای این مشکل نیست!
گاهی اوقات ممکن است شما خودتان توسعه‌دهنده باشید و نرم‌افزاری را دستکاری کنید یا حتی یک برنامه به‌روز شود، اما اطلاعات به‌روز شده آن در Gatekeeper قرار نگرفته باشد. این تغییرات در نرم‌افزار نیز موجب می‌شود شما نتوانید از نرم‌افزارهایی که به صحت عملکرد آنها اطمینان دارید نیز استفاده کنید. در چنین شرایطی می‌توانید با مشخص کردن استثناها در Gatekeeper آنها را نیز اجرا کرده و مشکل را رفع کنید:
1ـ ترمینال را اجرا کرده و فرمان زیر را در آن تایپ کنید(کلید اینتر را فشار ندهید)
spctl --add --label NAME
توجه: عبارت Name در فرمان فوق باید با نام نرم‌افزار موردنظر شما که قصد افزودن آن به فهرست اشتثناها را دارید تعویض شود. به عنوان مثال عبارت Word نامی است که می‌توانید برای Microsoft Word انتخاب کنید.
2ـ دقت داشته باشید در انتهای فرمان فوق یک فاصله مجازی قرار گرفته و پس از آن نرم‌افزار موردنظرتان را به پنجره ترمینال کشیده و رها کنید. با انجام این کار مسیر کامل نرم‌افزار در پنجره ترمینال وارد شده و در مقابل فرمان اولیه قرار می‌گیرد. به عبارت دیگر فرمان موجود در پنجره ترمینال همچون فرمان زیر تغییر خواهد یافت:
spctl --add --label NAME|Applications|Program| Folder|Program.app
3ـ در پایان کلید اینتر را فشار دهید تا فرمان اجرا شود. پس از اجرای فرمان می‌توانید با دو بار کلیک روی نرم‌افزار موردنظر براحتی آن را اجرا کنید و پیغام دستکاری شدن نرم‌افزار نیز به شما نمایش داده نخواهد شد.
توجه داشته باشید با اجرای این فرمان، نرم‌افزار موردنظر شما از سوی Gatekeeper مورد بررسی و کنترل قرار نمی‌گیرد و فقط در صورتی از این فرمان استفاده کنید که به صحت عملکرد نرم‌افزار اطمینان کامل داشته باشید.