فروش تسلیحات نظامی آمریکا به ایران و اداره مستشاری ارتش ایران تحت نظر او صورت می‌گرفت، با ساختار نیروهای مسلح آن آشنایی کامل داشت و با سران ارتش دوست بود. ضمن این‌که یک سال قبل از آن، به درخواست شاه، ساختار ارتش را به صورتی ایرانی و تحت فرمان شاه درآورد تا فرماندهانش فقط در حضور شخص شاه به عنوان فرمانده کل قوا بتوانند با هم کار کنند، مجری طرح‌های وی بدون ابتکار عمل بوده و رئیس ستاد مشترک نیز بدون اختیارات باشد.
او در اولین روز کنفرانس گوادلوپ در چهارم ژانویه (چهاردهم دی) با یک هواپیمای نظامی از پایگاه ناتو در بروکسل بدون اطلاع قبلی و بسرعت به تهران آمد طوری که حتی شاه هم از حضور او باخبر نشد. این حضور محرمانه، دو روز بعد به همراه شایعاتی مبنی بر قصد آمریکا برای کودتا در ایران، در مطبوعات فاش شد و در روزهای بهمن ماه باعث خشم تظاهرکنندگان شد. او به اتفاق ویلیام سولیوان، سفیر وقت ایالات متحده آمریکا در ایران به دربار رفت تا از روز و ساعت مسافرت شاه یا به عبارتی خروج وی از کشور مطلع شود.
شاه بیمار بود و ناامید از این‌که قادر به تشکیل کابینه ائتلافی با مخالفانش باشد. ارتش او شاید توان رویارویی با بیگانگان را در خود می‌دید، ولی برای مقابله با شورش‌های بزرگ غیرنظامی در خیابان‌های شهر برنامه‌ای نداشت و شاه متقاعد شد کسی نمی‌تواند کمکش کند و هیچ راه حلی با وجود او عملی نیست حتی تشکیل یک دولت غیرنظامی.
توصیه‌های ضد و نقیض داخلی و خارجی را انجام داده بود و نتیجه‌ای نگرفته و روحیه خود را باخته بود. از این رو برای نجات سلطنت باید مانند پدرش عمل می‌کرد و نیز آنچه در مرداد 32 کرده بود.
هایزر در نوزدهم دی‌ماه به این نتیجه رسید که پس از رفتن شاه و درباریان، ارتش شاهنشاهی دچار فروپاشی خواهد شد. چون ازهاری و اویسی رفته بودند و فرماندهان ارشد نظامی بخصوص قره‌باغی، توفانیان و ربیعی که تا آن زمان انقلاب را غیرممکن می‌دانستند نیز ممکن بود کشور را ترک کنند. او هر روز با مقامات نظامی کشور وارد مذاکره می‌شد. پیام غرب را به آنها رساند که حامی‌شان خواهند بود و این‌که دیگر نمی‌توان از شاه حمایت کرد در عین حال تعهدات نظامی آمریکا به ایران اجرا خواهد شد.
کاخ سفید از وی خواسته بود مشاور نظامیان باشد، ولی او در واقع آنها را مهار کرده و مانع اقدام خودسرانه‌شان می‌شد تا ارتش علاوه بر این‌که انسجام خود را به عنوان اصلی‌ترین پایگاه آمریکا در منطقه حفظ کند، معترضان را ترسانده و بازیگر اصلی در مواجهه با مشکلات بین‌المللی ناشی از نبودن شاه بخصوص بی‌ثباتی در خلیج‌فارس و خطر کمونیسم باشد.
شاه بیست‌وششم دی به امید این‌که در غرب مورد استقبال و پذیرایی قرار گیرد و بیماری‌اش هم درمان شود، از کشور خارج شد.
جیمی کارتر، بیست‌ونهم دی طی پیامی به هایزر و سولیوان گفت: موضع ایالات متحده تغییر نکرده است. ما از تلاش‌های دولت بختیار برای استقرار مجدد ثبات در چارچوب قانون اساسی حمایت می‌کنیم. بختیار درصدد بود به کمک هایزر کنترل ارتش را به دست گیرد. چهاردهم بهمن همافران نیروی هوایی به طرفداری از امام (ره) علیه بختیار تظاهرات کردند.
شانزدهم بهمن ژنرال هایزر همزمان با انتخاب بازرگان به عنوان نخست‌وزیر دولت موقت پس از حدود یک ماه توقف و هماهنگی بین مقامات ارتش و جانشین خود ژنرال گاست، تهران را ترک کرد. در نیمه‌های شب بیست‌ویکم بهمن نیروی هوایی با قوای گارد شاهنشاهی در دوشان تپه درگیر شد. حرکت مردمی، ارتشی‌ها را به خود جذب کرده بود.
در عشرت‌آباد، تعداد زیادی سلاح به دست غیرنظامیان افتاد و بیست‌ودوم بهمن ارتش که در اثر کمبود سوخت ناشی از اعتصابات فلج شده بود، طی نشست فرماندهانش، ناچار رسما اعلام بی‌طرفی کرد و عمر حکومت 37 روزه بختیار به سر آمد و دوران سلطنت خاندان پهلوی به پایان رسید. البته گفته شده هایزر دوباره بازگشته و بیست‌ودوم بهمن نیز تا آخرین لحظات در زیرزمین ستاد مشترک ارتش در کنار افسران طرفدار شاه بود تا به آنها راه‌های سیاسی برای ارتباط و همکاری با دولت بختیار را نشان دهد.
کتاب خاطرات او در ایران نیز با عنوان ماموریت ژنرال هایزر در ایران منتشر شد، ولی همچنان معمایی مرموز در تاریخ معاصر محسوب می‌شود؛ چون مفسران سیاسی نظریاتی داشته‌اند درباره نقش او به صورت مستقیم یا غیرمستقیم در سقوط دولت بختیار و فسخ قرارداد خرید تسلیحات و برچیدن تجهیزات پیشرفته پست‌های مراقبت آمریکایی مستقر در مرزهای شوروی سابق (بهشهر و کبکان) و پایگاه‌های استراق سمع در خلیج‌فارس، تظاهرات سلطنت‌طلبان در پنجم بهمن و...
زبیگنیو برژینسکی، رئیس شورای امنیت ملی آمریکا به عنوان مشاور رئیس‌جمهور که بهترین استراتژی را حفظ تاج و تخت می‌دانست، نقش هایزر را طراح کودتا در صورت سقوط دولت شاپور بختیار عنوان می‌کرد.
سایروس ونس، وزیر خارجه وقت آمریکا و سولیوان (سفیر) در آن روزها نظر متفاوتی داشتند، این‌که فرماندهان ارشد نظامی ایران، از به دست گرفتن قدرت و حفظ آن ناتوانند، بنابراین باید با حمایت از یک دولت انتقالی، قابلیت انعطاف در برابر شرایط جدید ایران را افزایش داد.
و اما، ژنرال...
دشواری ماموریت هایزر این بود که باید مانع کودتای نظامیان علیه دولت شود، در عین حال کودتایی را در صورت سقوط دولت هدایت کند.
او ابتدا مستشاران ارتش را متقاعد کرد که خروج شاه و حمایت از نخست‌وزیر برای بازگشت آرامش به کشور ضروری است. سپس، با افزایش ناآرامی‌ها و اعتصابات درصدد هدایت کودتا برآمد، اما این زمانی بود که سربازان به صفوف انقلابیون پیوستند و دیگر از اطاعت نظامیان از فرماندهان خبری نبود.