به گزارش گروه وبگردی باشگاه خبرنگاران، شهید مصطفی خمینی در 21 آذر 1309 ه ش برابر با 21 رجب 1349 ه ق در محله الوندیه شهرستان قم در منزل اجاره‌ای متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدری‌اش «شهید سیدمصطفی موسوی» او را نیز مصطفی نامیدند. مادر گرامی‌اش خانم خدیجه ثقفی در انتخاب این اسم برای فرزندش می‌گوید :
«من خیلی دوست داشتم که نامش مصطفی باشد و نمی‌دانم آقا چه دوست داشتند، ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است، بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را محمد گذاشتیم، لقبش را مصطفی و کنیه‌اش را ابوالحسن گذاشتیم، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول (ص) نشود.
آقا مصطفی پس از تلاش فراوان در 27 سالگی به درجه اجتهاد نائل آمد، اجازه اجتهاد او از طرف امام خمینی (ره) بود.
ازدواج
حاج آقا مصطفی در سال 1335 شمسی با خانم معصومه حائری دختر آیة‌الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی ازدواج نمود. خانم خدیجه ثقفی همسر امام خمینی (ره) دربارة چگونگی این ازدواج می‌گوید: «یک وقت شایع شد که با آقا مرتضی حائری وصلت کرده‌ایم، به‌طوری که مصطفی می‌گوید: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می‌آید، رفقا می‌گویند که پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید که دختر آقای حائری را دیده‌ای؟ من هم کمی توضیح دادم. آقا گفت: چطور است این دروغ را راست کنیم؟ گفتم که هر طوری صلاح می‌دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود که همان شب بروند برای صحبت؛ بعد به ما خبر دادند که مردها رفته‌اند و ما زنها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد.»
اولین فرزند آنها محبوبه بود که به جهت ابتلا به بیماری مننژیت درگذشت. دومین فرزند حسین، نام داشت که هم‌اکنون در کسوت روحانیت است. سومین فرزند آنها مریم است که تا دوره دکترا تحصیل کرده است. یورش ناگهانی مأموران ساواک در روز 13 دی 1343 به منزل امام برای دستگیری حاج آقا مصطفی سبب ترس و وحشت همسر او شد که با سقط جنین و از بین رفتن فرزند چهارم ایشان همراه بود.
شهادت
آیت‌الله سیدمصطفی خمینی، پس از دورانی پر از رنج، تلاش و مبارزه در سحرگاه یکشنبه اول آبان ماه 1356 (برابر با نهم ذی‌قعده 1397 ه ق) در سن 47 سالگی در نجف به‌طور ناگهانی و مرموز در خانه خود درگذشت. اولین کسی که از این واقعه آگاه شد و دیگران را نیز مطلع نمود، خادمه منزل حاج آقا مصطفی به نام صغرا خانم بود. او مشاهدات خود را به شرح ذیل بازگو می‌کند:
«شب، آخر قرار بود برای آقا مهمان بیاید. چون دیر وقت بود، ایشان آمدند و به من گفتند: صغری برو بخواب، من خودم در را باز می‌کنم. من هم اول به حرم رفتم، نماز خواندم، زیارت کردم، بعد به خانه آمدم و خوابیدم. صبح که طبق معمول، صبحانة آقا را بالا بردم، دیدم آقا روی کتاب‌هایشان خم شده‌اند، فکر کردم که خوابشان برده است، صدایشان کردم و گفتم: آقا... آقا خوابتان برده... که دیدم جواب نمی‌دهند و زیر چشمشان هم به رنگ خرما شده است. پایین رفتم و خانم ایشان را که مریض بود، صدا کردم و خودم هم به کوچه رفتم و فریاد زدم که آقا مصطفی (ره) مریض شده است که در این هنگام آقای دعایی مرا دید و با یکی دو نفر دیگر به بالا آمد و آقا را به بیمارستان بردند و دیگر نمی‌دانم چه شد.»
خانم معصومه حائری یزدی، همسر مرحوم آقا مصطفی، دومین نفری بود که از درگذشت شوهرش مطلع شد. ایشان نیز در این زمینه گفته‌اند:
«او حاج آقامصطفی مردی بسیار قوی و از سلامت کامل برخوردار بود، هیچ‌گونه ناراحتی و بیماری نداشت، به همین دلیل برخلاف آن چه شایع کردند سکته قلبی، خیلی بعید به نظر می‌رسید.