زمانی كه سلول تخم تشكیل و تقسیم می‌شود، ممكن است اختلالاتی در تعداد
یا در ساختمان كروموزوم به وجود آید كه در این صورت حاملگی طبیعی نیست و بهتر این
است كه جنین در چنین وضع سقط شود. كروموزوم به ساختار بسیار ظریف و كوچك داخل سلول
اطلاق می‌شود كه ژن‌های زیادی را حمل می‌كند.
ژن‌ها تعیین‌كننده خصلت فیزیكی افراد نظیر جنس، رنگ مو، رنگ چشم و نوع
گروه خونی است. بیشتر ناهنجاری‌های كروموزومی به طور اتفاقی رخ می‌دهد و ربطی به
سلامت پدر و مادر ندارد.
معمولا 60 درصد سقط‌ها این علت را دارد و نگرانی در مورد تكرار آن
بی‌مورد است، ولی درصد كمی از سقط‌ها ممكن است علت زمینه‌ای داشته باشد كه باعث
تكرار سقط شده و باید از لحاظ مشكلات كروموزومی، مشكلات غدد داخلی و ایمونولوژی
بررسی شود.
بعد از یك‌بار سقط جنین،
نیاز است كه تمام عوامل آن بررسی شود و معمولا بعد از یك‌بار سقط، به طور لزوم
احتمال تكرار آن وجود ندارد. توصیه می‌شود بعد از سقط جنین در فاصله سه ماه، برای
بارداری اقدام صورت بگیرد/س