امام خمینی(ره) سال 1362 در حسینیه جماران در رابطه با قوه قضاییه جمهوری اسلامی می فرمایند: قوه قضاییه، که ملجأ و پناهگاه مردم ستمدیده است، قوهای است مستقل و هیچ مقامی حق دخالت در آن را ندارد و اگر کسانی پیدا شوند که ندانسته در امور قضایی دخالت میکنند، باید بدانند که برخلاف دستورات شرعیه و نظام جمهوری اسلامی عمل کردهاند و اگر دانسته تخلف میکنند، مستحق عقاب و تعقیباند.
بر دولت و قوای اجرایی است که از تجاوز و تخلف هرکس در هر جا جلوگیری کنند و کسانی که پس از احضار در محاکم قضایی از حضور در آن سرپیچی میکنند باید مورد تعقیب واقع و تعزیر شرعی شوند
کسانی که از حکم قضات شرعی تخلف میکنند و در مقابل آن مقاومت میکنند بر خلاف اسلام و امر خداوند عمل کردهاند، باید مورد تعقیب واقع شوند. کسانی که از قاضی شکایت دارند، یا به حکم قاضی اعتراض دارند، باید به مقامات صالحه رجوع نمایند و به هیچ وجه خودسرانه عملی را انجام ندهند و باید بدانند که احکام صادره از قضات شرعی مادامی که خلاف شرع بودن آن در محاکم و مراجع صالحه ثابت نشده، واجب العمل است.
حضرت امام (ره) درباره قوه قضاییه به رسانه ها سفارش می کنند: مجلات و روزنامهها و رسانههای گروهی توجه داشته باشند که تضعیف قوه قضاییه برخلاف موازین اسلامی است؛ از پخش چیزهایی که موجب تضعیف یا توهین مقام قضاست احتراز کنند. این کشور اسلامی است، و باید هر امری در آن موافق با موازین اسلامی باشد.
ایشان می فرمایند: شکایت از قاضی یا دادگاه باید به حسب مقررات شرعی باشد و شاکی هر کس هست حق ندارد در مطبوعات یا رسانههای گروهی یا در مجامع عمومی طرح دعوا کند و علیه قوه قضاییه جوّسازی کند. روزنامهها، مجلات، رادیو و تلویزیون توجه به این مسائل و اشباهات مربوط به آن را داشته باشند و بالجمله، مسئله قضا و احترام از قضات محترم و اطاعت از احکام صادرۀ آنها امری است که مورد اهتمام اسلام است.
امام خمینی (ره) همچنین در سال 60، در جمع تعدادی از اهالی شهر میانه فرمودند: اشخاص فاسد را بعد از آنکه دیدید با موعظه به جای خودشان نمینشینند، به دادگاه ها معرفی کنید تا اینکه دادگاه ها به وظایف اسلامی و قانونی خودشان عمل کنند.