در ابتداي شكل‌گيري قرارگاه پدافند خاتم‌الانبياء(ص)، امیر سرتیپ خلبان "احمد میقانی" فرماندهي آن را بر عهده داشت.
در تاریخ 1389.11.5 امیر سرتیپ "فرزاد اسماعیلی" از سوی فرماندهي معظم کل قوا به سمت فرماندهی این قرارگاه منصوب شد. وی یکی از جوان‌ترین فرماندهان، در نیروهای مسلح ایران است.
ستاد فرماندهي اين نيرو در بزرگراه بسيج - بلوار هجرت جنب بيمارستان بعثت نيروي هوايي ارتش قرار دارد.
به گفته سرتیپ خلبان احمد میقانی، فرمانده پيشين قرارگاه پدافند هوايي خاتم الانبياء(ص) "تمام سامانه‌های متعلق به پدافند هوایی کشور از جمله رادارها، دستگاه‌های جمع‌آوری اطلاعات، آتشبارهای موشکی با بردهای بلند، متوسط و کوتاه و سامانه‌های توپخانه‌ای پدافندی تحت کنترل قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیاء(ص) خواهد بود.
لطفا آدرس دقیق پدافند هوایی ارتش خاتم الانبیا را بگذارید تا افرادی که مثل ما از شهرستان می خواهند مراجعه کنند سر در گم نباشند
خدا قوت