در فیلم معراجی‌ها حرف‌ها و شبهات بسیاری پاسخ داده شده است، اینکه چرا این همه مفقود داریم پاسخش می‌شود چون به معراج رفته‌اند؛ بر خلاف آنچه از صحنه‌های تبلیغات فیلم تداعی می‌شود این فیلم اصلاً شوخی نیست.
یکی از مشهورترین این شبهات طرح این مسئله است که چطور امیرالمومنین(ع) با آن همه جنگاوری اجازه هجوم به منزلشان را دادند در حالی که این مسئله از شان آن حضرت (ع) به دور است، همچنین گفته می شود اینکه امیرالمومنین (ع) را دست بسته به مسجد بردند، جعل تاریخ است!!!
رئیس مرکز پاسخگویی به شبهات حوزه علمیه قم گفت: این مرکز در مدت فعالیت خود، ۶۰ کتاب در زمینه پاسخ گویی به شبهات منتشر کرده و در همین مدت بیش از ۱۵۰ هزار پاسخ از طریق ایمیل، کتبی و دیگر راه‌ها به پرسش کنندگان ارائه شده است.
یک کارشناس مسائل دینی با بیان اینکه عاشورا سرمشق بزرگی در همه ادوار تاریخ است، گفت: آنچه که در روز عاشورا اهمیت دارد، جلوگیری از ایجاد شبهات دینی و القائات غیر درستی است که اگر رعایت نشود، مسلمانان را به ورطه نابودی و انحراف می‌کشاند.
قائم مقام معاون سیاسی نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری گفت: بهترين راه برخورد با تحريف کنندگان خط امام خميني (ره) ورود مسئولان قضايي و حقوقي به اين مسأله است.
یک کارشناس مسائل دینی با اشاره به اینکه با بررسی متون تاریخی می بینیم که در متون اهل سنت هم سندات واقعه غدیر خم کم نیست، گفت: به عنوان مثال در کتاب تاریخ بغداد که متعلق به خطیب بغدادی یکی از علماء بزرگ اهل سنت است در جلد هشتم به جریان غدیر اشاره شده است.
استاد علوم و معارف دانشکده فنی انقلاب گفت: بيشترين دام‌ها در اسلام‌هراسي براي دانشجويان فراهم شده که بايد با برگزاري دوره‌هاي معرفتي در برابر شبهات و تحليل‌هاي غلط روشنگري صورت گيرد.
دبيرکل جبهه ايستادگي با بيان اينکه سياست‌هاي جريان وهابيت عليه شيعه بسيار روشن است، گفت: 34 سال مبارزه جمهوری اسلامی با سیاست‌های غرب و مخالفت آن با رژیم صهیونيستي نشان‌دهنده تفکر منسجم و اثربخش شیعه است.
يک مرجع تقليد گفت: طلاب و روحانیون باید نسبت به مسائل سیاسی آگاهی داشته باشند؛ البته باید به این مسئله مهم نیز توجه داشت که روحانیت، اهل سیاسی کاری نیست، اصل نظام برای ما مهم است.
طراح اين شبهه نه تنها مي‌‌خواهد صاحبان اين قبور را زير سؤال ببرد بلكه با اين انديشه خام قبور شيخين و حتي پيامبر گرامي (ص) را زير سؤال مي‌‌برد؛ زيرا همه آنها بيش از هزار سال پيش به خاك سپرده شده‌اند و هرگز معلوم نيست صاحبان آنها چه كساني هستند.