پس از استعفای آخوندی افکار عمومی در فضای شبکه‌های اجتماعی خواستار محاکمه وی شد و حالا مجلس گزارشی از مقصران حادثه قطار تبریز مشهد منتشر کرده که وی را در صدر مقصران این حادثه قلمداد می‌کند.
عضو هیأت رئیسه مجلس با بیان اینکه آخوندی به جای فرافکنی و تهمت زدن به منتقدین بهتر است اسنادش را به قوه قضاییه بدهد، گفت: نمی‌توان با شانتاژ بازی زبان منتقدین را بست.
قرار گرفتن نام عباس آخوندی در بین پنج کاندیدای شورای شهر تهران برای پُست شهرداری باعث شده تا وی با استناد به یک گزارش، تصمیمات چندماه آخر حضورش در وزارت راه را به روایتی دیگر بازگو کند.